Die Heinrich-Stockmeyer-Stiftung verfolgt ausschließlich und unmittelbar gemeinnützige Ziele. Sie untersteht der öffentlichen Stiftungsaufsicht.
Zweck der Stiftung ist die Förderung und Unterstützung jeglicher Art von wissenschaftlicher Lebensmittelforschung im Interesse sicherer Nahrungsmittel – auch in angrenzenden Forschungsgebieten. Ein Schwerpunkt liegt auf der Erforschung und Untersuchung von Ursachenzusammenhängen in den Themenbereichen „Rohstoffe und Umwelt“, „Produktion, Transformation und Veredelung“, „Verpackung, Logistik und Distribution“ sowie „Nachhaltigkeit“ und „Tiergerechtheit und Tierwohl“.
Darüber hinaus dient die Stiftung der Förderung von pädagogischen Projekten sowie des Verbraucherschutzes in den Bereichen Lebensmittel und Ernährung. Dem Transfer entsprechender Erkenntnisse in eine breite Öffentlichkeit im In- und Ausland kommt im Rahmen der Stiftungstätigkeit besondere Bedeutung zu.